今日课程
第 1 课 · 虫媒病毒全景：分类、基因组类型、传播循环
先分清“虫媒病毒”不是一个分类学概念，再按基因组类型把 45 种病毒放进正确的格子，最后讲清登革和乙脑的传播循环有什么不同。
学习方法（先读这三条）
1. 每课先看理论，再动手做操作，最后交实践，验收打勾才算学完，不要只看课囤课。
2. 每学一个新工具，先用一个小数据集跑通默认流程，再换真实数据；改了参数要记下改了什么、为什么改。
3. 遇到结果先问三句：样本够吗？批次干净吗？这个结论换个方法还成立吗？
4. AI 的用法：先手写再让 AI 审，先自己看懂报错再让 AI 解释。DESeq2 设计矩阵、系统发育模型、awk 脚本这三类，AI 给的答案必须人工核对。
全部课表
阶段 0 · 病毒生物学打底（3 课）
- 第 1 课 · 虫媒病毒全景：分类、基因组类型、传播循环已发布 · 2026-11-05
- 第 2 课 · 登革病毒解剖：基因组、蛋白与 4 个血清型待更新
- 第 3 课 · 准种、重组、重配、宿主转换与读文献方法待更新
阶段 1 · 工具快通（6 课）
- 第 4 课 · Linux 1：文件、目录、权限与管道待更新
- 第 5 课 · Linux 2：文本处理、vim 与 tmux待更新
- 第 6 课 · Conda、Git 与可重复性待更新
- 第 7 课 · R 1：数据框与 tidyverse待更新
- 第 8 课 · R 2：ggplot2 发表级作图待更新
- 第 9 课 · Python 补课：Biopython 与序列解析待更新
阶段 2 · 序列获取与质控（3 课）
- 第 10 课 · GenBank、SRA、GEO 与批量下载待更新
- 第 11 课 · 测序数据质控待更新
- 第 12 课 · 参考基因组、注释文件与采样偏倚待更新
阶段 3 · 病毒基因组核心（8 课）
- 第 13 课 · 组装思路：参考引导与从头组装待更新
- 第 14 课 · 一致性序列、完整度与覆盖度待更新
- 第 15 课 · 变异检出：SNP 与 InDel 过滤待更新
- 第 16 课 · 准种与宿主内变异待更新
- 第 17 课 · 多序列比对与建树待更新
- 第 18 课 · 树图判读：进化枝、支持值与采样偏倚待更新
- 第 19 课 · 分子钟与选择压力待更新
- 第 20 课 · 重组与重配检测待更新
阶段 4 · 宿主适应与蛋白功能（3 课）
- 第 21 课 · 密码子偏好与宿主适应待更新
- 第 22 课 · 蛋白结构：AlphaFold 定位功能位点待更新
- 第 23 课 · 关键突变怎么核对文献待更新
阶段 5 · 宿主与媒介转录组（6 课）
- 第 24 课 · 转录组上游：FASTQ 到表达矩阵待更新
- 第 25 课 · 差异分析：DESeq2待更新
- 第 26 课 · 多重检验、火山图与热图待更新
- 第 27 课 · 富集分析：ORA、GSEA、GSVA待更新
- 第 28 课 · 宿主免疫应答解读待更新
- 第 29 课 · 蚊媒病毒组与宏基因组发现待更新
阶段 6 · 选修（3 课）
- 第 30 课 · 单细胞 1：质控、降维、聚类与注释待更新
- 第 31 课 · 单细胞 2：亚群、通讯与拟时序待更新
- 第 32 课 · 机器学习：训练验证、防过拟合与外部验证待更新
阶段 7 · 综合项目（4 课）
- 第 33 课 · 一个病毒的完整画像待更新
- 第 34 课 · 文献复现一张主图待更新
- 第 35 课 · 地区与时间基因型比较待更新
- 第 36 课 · 结业：完整报告评审待更新
练手病毒
主攻：登革病毒（DENV），数据多、文献多。对照：日本脑炎病毒（JEV）或寨卡病毒（ZIKV）。其余 43 种来自病毒图鉴名单，学到哪一课就用哪一种练手。